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Nueva York está ubicada al noreste de Estados Unidos, en el sureste del Estado de Nueva York y a aproximadamente mitad de camino entre Washington D.C. y Boston. Su ubicación en la boca del Río Hudson, que forma un puerto naturalmente protegido y desemboca en el océano Atlántico, ha ayudado al crecimiento de la ciudad y a su importancia como ciudad comercial. La mayor parte de Nueva York está construida sobre las tres islas de Manhattan, Staten Island y Long Island, haciendo que el terreno edificable sea escaso y obliga a una alta densidad.

El río Hudson fluye a través del valle homónimo hasta la bahía de Nueva York. Entre Nueva York y la ciudad de Troy, el río se convierte en un estuario. El Hudson separa la ciudad de Nueva Jersey. El río East fluye desde estrecho de Long Island y separa Bronx y Manhattan de Long Island. El río Harlem, entre los ríos East y Hudson, separa Manhattan de Bronx.

El terreno de la ciudad ha sido alterada considerablemente por la intervención humana, con varios terrenos ganados a los ríos desde los tiempos coloniales neerlandeses. Esto es más notable en el sur de Manhattan, con planificaciones como Battery Park City en los años 1970 y 1980. Algunas de las variaciones en la topografía han sido niveladas, particularmente en Manhattan.

El área de la ciudad es de 831.4 km². El punto más alto de la ciudad es la colina Todt en Staten Island (124.9 metros sobre el nivel del mar). La cima está cubiera por bosques, puesto que es parte del cinturón verde de Staten Island.

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